La plateforme permet d’accueillir toutes personnes de l’INM et de l’extérieur (chercheurs, doctorants, post-doctorants, étudiants, ITA et stagiaires) qui désirent réaliser des hybridations in situ, des PCR en temps réel, des analyses avec la technologie Nanostring ou du séquençage soit d’une façon soutenue ou occasionnelle.
La responsable de la plateforme d'expression génique assure :
- l’organisation et la gestion de la plateforme
- la coordination des différents utilisateurs
- le conseil et l’orientation des futurs utilisateurs
- l’évolution et les mises au point des méthodologies
1. Hybridation in situ
Référent technique et scientifique : Stéphanie Ventéo
Les utilisateurs ont à leur disposition tout le matériel nécessaire à la réalisation d’hybridation in situ sur tissus entiers ou sur coupes (étuve, bain marie et sec, micropipettes, four à hybridation, sorbonne, microscope optique pour suivre la révélation et tout le petit matériel) et le consommable.
La pièce dédiée à l’hybridation in situ est une pièce RNase free où les utilisateurs ont à leur disposition le matériel pour réaliser les extractions d’ARN (broyeur polytron, ultraturax, centrifugeuse).
Protocoles disponibles :
-
- Hybridation in situ simple marquage
- Double hybridation in situ
- Hybridation in situ couplée à un marquage immunohistochimique
- Hybridation in situ des microRNA
- Double hybridation in situ fluorescente
EXEMPLES DE MARQUAGES SUR LES DIFFERENTS TISSUS
ETUDIES A l’INM
Rétine Cochlée Moelle épinière et Ganglions Rachidiens Dorsaux
Nerf Double hybridation in situ Hybridation in situ couplée à un immuno-marquage
Enseignement
Formations nationales dispensées dans le cadre de la Formation Permanente de l’INSERM.
La prochaine session est programmée en 2021.
Leurs N et al., Frontiers in Genetics 12, 620659, 2021
Milman A et al., J Physiol. doi: 10.1113/JP281044, 2021
Ventéo S et al., Cell Rep., 29:2953-2960, 2019
Debiais-Thibaud M et al, Mol Biol Evol., 36:2265-2276, 2019
Coque E et al., Proc Natl Acad Sci USA pii: 201815961, 2018
Enault S et al., BMC Evol Biol. 8:127, 2018
Rivat C et al., Nat Commun. 9:1042, 2018
Ventéo S et al., Sci Rep. 6:36407, 2016
Ohayon D et al., Cell Rep. 17:1473-1481, 2016
Bouilloux F et al., Elife pii: e11627, 2016
2. PCR en temps réel
Référent technique : Stéphanie Ventéo
Référent scientifique : Ilana Méchaly
Les utilisateurs ont à leur disposition tout le matériel nécessaire à la réalisation de PCR en temps réel :
Light Cycler 2.0 32 capillaires Light Cycler 480 plaques 96 puits
La pièce DNA free est dédiée à la préparation des réactions de PCR sans l'ajout des matrices ADN.
3. Nanostring Sprint Profiler
Référent technique : Cécile Monzo
Référent scientifique : Carole Crozet
Le Ncounter Sprint Profiler de chez Nanostring (https://www.nanostring.com/products/ncounter-analysis-system/sprint-profiler/) permet d’analyser de façon digitale de multiples éléments à partir du même échantillon (échantillon de microARN, ARN totaux, protéines, ADN génomique, de tissus inclus en paraffine).
Il offre la possibilité d’analyser des panels de miARN, ARNm (jusqu’à 800 cibles analysées dans le même échantillon), Fusion de gènes, lncARN, protéines (jusqu’à 200 protéines) définis ou à façon (voir avec Nanostring pour le design).
Il est également possible d’étudier de nombreux pathways en une seule expérience et dans de nombreux domaines (immunologie, neurosciences, oncologie, maladie infectieuses, recherche clinique…).
https://www.nanostring.com/products/ncounter-analysis-system/ncounter-systems-overview/
4. SeqStudio Genetic Analyzer (ThermoFisher)
Référent technique : Grégor Dubois
Référent scientifique : Gaël Manes
Le séquenceur SeqStudio de ThermoFisher est un système d’électrophorèse quatre capillaires compact fonctionnant avec un système de cartouches de réactifs tout-en-un. Son utilisation est simple et intuitive.
Le SeqStudio peut servir à différentes applications telles que :
- Séquençage Sanger (détection de mutation, confirmation de variant NGS)
- Séquençage de plasmide
- Authentification de lignées cellulaires humaine
- Analyse des modifications du génome par CRISPR-cas9
- Génotypage de fragments couplés à la fluorescence
Les logiciels Sequencing analysis et GeneMapper permettent une analyse rapide des résultats de séquençage et de génotypage. Le plateau de séquençage possède un thermocycleur et une centrifugeuse à plaque dédiés aux réactions de séquençage.
