L'INM est situé à l'intérieur du campus de l'hôpital de St Eloi, en contact étroit avec l'IRMB, un institut qui accueille une unité INSERM développant des biothérapies. Les équipes cliniques impliquées dans la recherche translationnelle de l'INM (ORL, ophtalmologie, neurologie ou neuroradiologie) sont toutes situées dans l'hôpital du Gui de Chauliac qui est à situé à quelques pas de l'Institut.

L'INM est situé au cœur du "Grand Campus" de Montpellier qui regroupe dans le cadre de l'Université d'Excellence de Montpellier (MUSE), centres cliniques et grands instituts de recherche. Le projet MUSE rassemble les forces de 19 institutions (dont l'INSERM, le CNRS et le CHU de Montpellier), autour d'une vision commune : créer à Montpellier une université thématique à forte intensité de recherche qui sera reconnue internationalement pour son impact dans les domaines de l'agriculture, de l'environnement et de la santé. Montpellier est également l'un des premiers sites de recherche en France avec la présence de laboratoires d'excellence (LabEx): le LabEx CheMISyst, au sein du pôle de chimie de Balard, est destiné à développer le concept de "chimie des systèmes", le LabEx EpiGenMed qui est un projet multidisciplinaire allant de la génétique et l'épigénétique à la Médecine Moléculaire, le LabEx MAbImprove dédié aux "meilleurs anticorps, mieux développés, mieux utilisés", le LabEx ICST qui se concentre sur les canaux ioniques d'intérêt thérapeutique et le LABEX NUMEV qui propose des solutions numériques, du matériel et de la modélisation pour l'environnement et le vivant. Les équipes de l'INM sont impliquées dans de nombreux projets au sein de ces Labex.

Un élément important du positionnement de l'INM est également la participation de plusieurs équipes au Centre d'excellence européen en neurodégénérescence de Montpellier (CoEN), qui a la spécificité de mettre en avant les biomarqueurs et la médecine personnalisée. L'objectif du CoEN est de favoriser l'émergence de projets pluridisciplinaires réunissant les sciences fondamentales, précliniques, cliniques, épidémiologiques et sociales sur des maladies qui constituent des enjeux majeurs de santé publique comme la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson, la sclérose en plaques ou la sclérose latérale amyotrophique. Les équipes de l'INM sont également impliquées dans le Centre d’excellence sur l’Autisme et les Troubles du Neuro-Développement (CeAND) qui est un réseau de recherche interdisciplinaire visant à favoriser les interactions entre chercheurs, professionnels de terrain, mais aussi familles et personnes concernées, de façon à promouvoir et diffuser les bonnes pratiques de soins et d’éducation.

La communauté des Neurosciences est également dotée d'une Fédération des Hospitao-universitaires (FHU) dans le domaine (Neuroclin), dont l'objectif est de structurer la recherche en neurosciences dans les domaines où l'expertise régionale est forte (pathologies sensorimotrices, neurodégénérescence, cognition, psychiatrie) vers des essais cliniques, et la création d'entreprises pour développer de nouveaux médicaments ou dispositifs technologiques.

Il existe également de fortes interactions avec le pôle d'excellence EUROBIOMED qui fournit des ressources et propose des solutions aux entreprises et aux organismes de recherche dans le secteur de la santé pour les aider à innover, à financer, à développer et à atteindre leurs objectifs stratégiques et commerciaux afin d'améliorer en fin de compte le traitement et la vie des patients. Il est à noter que l'INM a une forte activité liée à l'industrie, avec 8 brevets licenciés, 19 déposés ou acceptés, 24 contrats industriels et la création récente de 5 start-ups.